后来为了帮助自己的姑姑稳定东宫大福晋的地位，不得以入宫。嫁给了比自己大21岁的皇太极，也就是自己的亲姑父。

　　据野史讲：孝庄在入宫之前，就已经和多尔衮两情相悦。奈何，天意弄人。孝庄不得不为了科尔沁部嫁入宫中，两人也只好把这份情各自放在心底。后来皇太极遭遇兵变，要求孝庄去求助多尔衮解围。孝庄奉旨前去，求得援兵救了皇上。后来苹果翻墙VPN设置，孝庄就怀孕了，生了一个儿子，也就是后来的顺治皇帝。据野史讲：这个孩子是孝庄去求援兵之后怀上的，有可能是多尔衮的。但是无从考证。

　　皇太极驾崩，皇位之争爆发。多尔衮和豪格久争不下。为了防止矛盾进一步激化，两个人决定，扶持孝庄的孩子，也就是后来的顺治帝登基。